Colin Edwards ha sido el piloto más rápido en la segunda sesión de entrenamientos libres correspondientes al Gran Premio de Motegi 2009. El piloto tejano hizo un gran papel bajo la intensa lluvia caída en el Twin Ring, aunque no fue hasta el final de la sesión  cuando realizó su mejor registro (2´01.841). El piloto australiano Casey Stoner (Ducati), dominó durante gran parte de esta segunda sesión de entrenamientos libres, pero finalmente Edwards (Yamaha) y Valentino Rossi respectivamente le arrebataron las dos primeras posiciones de la FP2. El propio Rossi quedó a sólo 52 milésimas de su ex-compañero en Yamaha Edwards.

El resto de la sesión fue similar a la vivida ayer, con Jorge Lorenzo en la zona alta (hoy ha sido cuarto). Chris Vermeulen (Suzuki), un verdadero especialista en agua ha finalizado la sesión en la quinta posición, aunque no pudo evitar una salida de pista a final de recta, punto exacto en el que pilotos como Takahashi o Hayden han corrido la misma suerte.

El top ten de esta sesión libre la han completado Alex de Angelis (San Carlo Honda Gresini), Sete Gibernau (Ducati GH), Randy de Puniet (Honda LCR) y Dani Pedrosa (Repsol Honda).

Así terminó la segunda sesión libre del Gp de Motegi 2009:

Clasificación entrenamientos libres (FP2) -Gp de Motegi 2009

Pos.	Piloto	Nac	Equipo	Tiempo
1	Colin Edwards		Tech 3 Yamaha	2'01.841
2	Valentino Rossi		Fiat Yamaha Team	+ 0.052
3	Casey Stoner		Ducati Marlboro Team	+ 0.656
4	Jorge Lorenzo		Fiat Yamaha Team	+ 1.166
5	Chris Vermeulen		Rizla Suzuki MotoGP	+ 1.586
6	Nicky Hayden		Ducati Marlboro Team	+ 1.882
7	Alex De Angelis		San Carlo Honda Gresini	+ 2.295
8	Sete Gibernau		Grupo Francisco Hernando	+ 2.613
9	Randy De Puniet		LCR Honda MotoGP	+ 2.628
10	Dani Pedrosa		Repsol Honda Team	+ 2.648
11	Andrea Dovizioso		Repsol Honda Team	+ 2.695
12	Yuki Takahashi		Scot Racing Team	+ 2.778
13	Loris Capirossi		Rizla Suzuki MotoGP	+ 2.810
14	Mika Kallio		Ducati Pramac	+ 2.966
15	Toni Elías		San Carlo Honda Gresini	+ 3.153
16	Niccolo Canepa		Pramac Racing Team	+ 3.486
17	Marco Melandri		Hayate Racing Team	+ 4.712
18	James Toseland		Tech 3 Yamaha	+ 4.893